Markarfljót, jökulvatn sem á meginupptök sín í Mýrdalsjökli, að nokkru einnig úr Eyjafjallajökli, en lengsta upptakakvíslin er úr Reykjadölum vestan Torfajökuls. Markarfljót er stórfljót eftir að niður í byggð er komið og flytur fram möl og grjót vegna straumhörku sinnar. Áin hefur flæmst sitt á hvað um sanda og flatlendi og löngum valdið stórfelldum spjöllum á nytjalandi. Fyrir miðja 20. öld var ráðist í að hlaða mikla varnargarða til að bægja ánni frá Fljótshlíðinni, þar sem landbrotið var hvað mest. Markarfljót er 100 km á lengd frá upptökum til ósa og vatnasvið þess um 1200 km2. Meðalrennsli fljótsins er 85 m3/sek. Brú á Markarfljóti var vígð 1934. Hún er 242 m, nú lokuð fyrir bílaumferð. Ný brú vestan Seljalandsmúla var tekin í notkun 1992. Þá var gerð brú á fljótið á Emstrum 1978. (Sjá F210). Við Markarfljót eru flestir fljótsvarnargarðar landsins, sá fyrsti byggður árið 1910. Austan Markarfljóts hefur verið byggður nýr 500 m garður – framlenging á Seljalandsgarði. Vestan fljóts er nýr 1100 m garður sem tengist Hringveginum skammt vestan Markarfljótsbrúar. Nánari upplýsingar um varnargarða í Markarfljóti og áhrif þeirra á búsetu á svæðinu eru í fræðslusíma Landgræðslunnar 800 5566. Áður fyrr töldu menn sig sjá skrímsli í Markarfljóti. Til er frásögn samtímamanns sem taldi sig fyrst hafa séð skyndilega stórar gusur og boðaföll í ánni en rétt á eftir gægðust þrír eða fjórir svartir hausar þegjandi og hljóðalaust upp úr vatnsskorpunni. Ferlíki þetta var á að giska 12–15 metra langt. Fjöldi manns taldi sig hafa séð skrímslið í ánni. Samkvæmt þjóðsögu er skrímslið þannig til komið að bóndi nokkur tók gamla, herta skötu úr hjalli sínum og henti í Þverá til að verja Fljótshlíðinga ágangi jökulvatna og þá fyrst og fremst Markarfljóts sem féll oft og tíðum í Þverá og olli hinum verstu spjöllum á Fljótshlíðarjörðum. Skatan lifnaði við og varð að skrímsli, enda hefur oft „skriplað á skötu“ þegar menn riðu Markarfljót eða Þverá.